卓越工程师学院教育教学指导委员会
负责卓越工程师人才培养有关教育教学工作的整体规划、指导、监督和评估。成员名单为：
名誉主任：陈晓红院士
主任：分管研究生教育副校长，分管本科生教育副校长
副主任：研究生院长，教务处处长，卓越工程师学院院长、执行院长
委员：前沿交叉学院院长，智能工程与智能制造学院院长，计算机学院院长，微电子与物理学院院长，卓越工程师学院副院长，校内导师代表，企业导师代表
卓越工程师培养办公室
负责卓越工程师人才培养建设规划、制定卓越工程师人才培养的相关制度、统筹推进各培养环节工作、以及学院日常工作等。